แรกเริ่มก่อตั้งใน พ.ศ. 2524 ก่อตั้งโดยกองพลที่ 1 รักษาพระองค์ ในนาม "AT-81" โดยการใช้กำลังพลจากหน่วยขึ้นตรงจากกองพลเดียวกัน เข้ารับการฝึกการปราบปรามการก่อการร้ายสากล (หลักสูตรการรบในเมือง) เป็นระยะเวลา 10 สัปดาห์ มีจำนวน 3 รุ่นคือ

รุ่นที่ 1 ชุด A,B เข้ารับการฝึกจากหน่วย SAS จำนวน 42 นาย

รุ่นที่ 2 ชุด C,D เข้ารับการฝึกจากหน่วย SAS จำนวน 42 นาย

รุ่นที่ 3 ชุด E,F เข้ารับการฝึกจากหน่วยอิสราเอล จำนวน 40 นายกำลังพลดังกล่าวหมุนเวียนทำหน้าที่เตรียมพร้อม จำนวน 3 ชุด ๆ ละ 20 วัน

พ.ศ. 2527 ได้ย้ายการบังคับบัญชาจาก พล.1 รอ. มาขึ้นการบังคับบัญชากับกองทัพบก โดยมีชื่อว่า "หน่วยปฏิบัติการเฉพาะกิจ 90" ใช้รหัสย่อว่า "ฉก.90" เป็นหน่วยที่ขึ้นตรงกับกองทัพบก มีผู้บัญชาการทหารบกเป็นผู้สั่งการโดยตรง โดยมีที่ตั้งชั่วคราวอยู่ที่ ร้อย.ลว.ไกลที่ 1 พล.1 รอ. มีกำลังพลที่ผ่านการฝึกสมัครใจย้ายตามหน่วย จำนวน 60 นาย และรับสมัครเพิ่มเติมจาก ร้อย.ลว.ไกลที่ 1 พล.ม.1 รอ. จำนวน 15 นาย และคัดเลือกจาก นักเรียนนายสิบ ศูนย์การทหารราบ จำนวน 21 นาย

พ.ศ. 2529 ได้บรรจุมอบเป็นหน่วยขึ้นการบังคับบัญชาโดยตรงกับ หน่วยบัญชาการสงครามพิเศษ และใช้นามหน่วยว่า "กองร้อยปฏิบัติการพิเศษ" โดยได้ย้ายที่ตั้งหน่วยชั่วคราวจากร้อย ลว.ไกล ที่ 1 พล.1 รอ. มาเข้าที่ตั้งหนวยชั่วคราว ณ ค่ายวชิราลงกรณ์ (กรมรบพิเศษที่ 1) บ.ป่าหวาย ต.ป่าตาล อ.เมือง จ.ลพบุรี

พ.ศ. 2535 หน่วยบัญชาการสงครามพิเศษ ได้บรรจุมอบให้เป็นหน่วยขึ้นการบังคับบัญชาโดยตรงของกองพันจู่โจม และเมื่อ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2535 กองร้อยปฏิบัติการพิเศษ ได้เคลื่อนย้ายหน่วยจากที่ตั้งชั่วคราว ค่ายวชิราลงกรณ์ ไปเข้าที่ตั้งปกติถาวร บริเวณบ้านน้ำจั้น ต.เขาสามยอด อ.เมือง จ.ลพบุรี เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2537

พ.ศ. 2543 หน่วยบัญชาการสงครามพิเศษ ปิดการบรรจุกำลังพลและปรับการบังคับบัญชาหน่วยจาก หน่วยขึ้นตรงกองพันจู่โจม เป็นหน่วยขึ้นตรงกรมรบพิเศษที่ 3 ให้เรียกนามหน่วยว่า "กองร้อยปฏิบัติการพิเศษ" นามหน่วยโดยย่อว่า "ร้อย.ปพ." เครื่องหมายสังกัด "รพ.ศ. 3" โดยมีพิธีมอบการบังคับบัญชาเมื่อ 6 มีนาคม พ. ศ. 2544

ต่อมา พ.ศ. 2550 กองทัพบกได้ดำเนินการปรับปรุงโครงสร้างการจัด หน่วยบัญชาการสงครามพิเศษ ให้พร้อมรับภัยคุกคามจากสถานการณ์การก่อการร้าย ซึ่งมีการขยายตัวมากขึ้น โดยได้ปรับขยายโครงสร้างของหน่วยจากเดิม “กองร้อยปฏิบัติการพิเศษ” เป็น “กองปฏิบัติการพิเศษ ” เพื่อให้รองรับภารกิจและเพิ่มขีดความสามารถในการต่อต้านการก่อการร้ายได้อย่าง ทันสมัยและมีประสิทธิภาพ[1]

ปัจจุบันหน่วยนี้ถูกยกระดับเป็นกองพัน และได้รับสถาปนาเป็นหน่วยทหารรักษาพระองค์ในปี พ.ศ. 2560[2][3]